Od 1983 r., w/w zabytki żydowskiej architektury murowanej są siedzibą Muzeum – Zespołu Synagogalnego we Włodawie. W każdym z nich prezentowane są ekspozycje stałe i czasowe. W Wielkiej Synagodze, starając się zachować atmosferę tego miejsc, pokazujemy wyłącznie wystawy związane z kulturą żydowską, w Małej Synagodze- z wielokulturową historią miasta i etnografią regionu, w trzecim budynku wystawy etnologiczne i egzotyczne.